De acuerdo al Art. 23 de la Ley del Agua para el Estado de Jalisco y sus Municipios, son atribuciones de la Comisión Estatal del Agua:

1. Formular, administrar y consolidar el desarrollo integral del Sistema Estatal del Agua;
2. Ser la Autoridad del Agua en el Estado, en materia de la cantidad y de la calidad de las aguas y su gestión en el territorio del Estado, y por lo tanto, ejercer aquellas atribuciones que dispone esta Ley para la realización de actos de autoridad en materia hídrica, en el ámbito de su competencia;
3. Establecer y dar a conocer el registro de los lineamientos para el Sistema Estatal del Agua;
4. Promover y verificar la incorporación de los lineamientos para el Sistema Estatal del Agua en la planeación estatal y municipal en materia de agua o para la conservación del recurso hídrico;
5. Proponer al Gobernador las políticas hídricas, tanto las de carácter público como las institucionales, para contribuir al desarrollo de la entidad;
6. Celebrar con las Autoridades competentes del Gobierno Federal los convenios de coordinación y colaboración administrativa y fiscal para la ejecución por parte de la Comisión de actos administrativos y fiscales en relación con la gestión de aguas nacionales en cantidad y calidad, que tenga asignadas, concesionadas o bajo su administración y custodia y de la prestación de los servicios hidráulicos;
7. Concertar con el Poder Ejecutivo Federal la obtención de facilidades y apoyo para el fortalecimiento de la Comisión para hacerse responsable de lo dispuesto en la fracción anterior;
8. Realizar la gestión de las aguas de jurisdicción estatal y contribuir con la gestión de las aguas nacionales al cargo de la autoridad competente, y en consecuencia, administrar y custodiar las aguas de jurisdicción estatal y sus bienes inherentes, y preservar y controlar la calidad de dicho recurso hídrico en el ámbito del Estado;
9. Establecer las prioridades estatales en materia de administración y gestión de las aguas de jurisdicción estatal y sus bienes inherentes;
10. Expedir, en los términos que establezcan los convenios materia de la Fracción VI del presente Artículo, los certificados estatales de concesión, asignación o permiso de descarga a que se refiere la presente Ley y su reglamento, en relación con aguas de jurisdicción estatal, así como reconocer derechos de aguas de la naturaleza citada y llevar el Registro Público Estatal de Derechos de Agua;
11. Conciliar y, en su caso, fungir a petición de los usuarios, como árbitro en la prevención, mitigación y solución de conflictos relacionados con el agua y su gestión, en los términos de los reglamentos de esta ley;
12. Coordinarse en la gestión de los recursos económicos y financieros que genere el agua y su gestión bajo el principio de que “el agua paga el agua”, conforme al marco jurídico en la materia, con el propósito de financiar las actividades sustantivas de la Comisión y del sector hídrico estatal con los recursos correspondientes;
13. Proponer la aplicación de los avances científicos y tecnológicos en el establecimiento y conservación de la infraestructura hidráulica, así como en la prestación de los servicios públicos de agua. Incluyendo la determinación y normalización de índices de gestión que permiten evaluar los avances en la materia;
14. Proponer programas de capacitación para los ayuntamientos, organismos públicos y organizaciones privadas para la gestión del agua;
15. Promover programas de cultura de ahorro y uso eficiente del agua;
16. Proponer reformas a las disposiciones legales y reglamentarias en materia de agua;
17. Informar los avances y compromisos establecidos a las dependencias y organismos integrantes del Sistema Estatal del Agua;
18. Elaborar anualmente un informe de los avances y estado general de gestión del agua en el Estado;
19. Proponer las políticas públicas, estrategias, criterios y lineamientos que regulen la prestación de los servicios públicos de agua potable, alcantarillado, tratamiento y disposición de aguas residuales en el estado;
20. Mantener actualizadas las normas técnicas, observando las disposiciones que la Secretaría de Desarrollo Rural, la Secretaría de Desarrollo Urbano del Estado, la Secretaría de Medio Ambiente y Desarrollo Sustentable, la Comisión Nacional y otras dependencias federales tienen fijadas en la materia, incluyendo la estructuración de precios unitarios y preparación de presupuestos base conforme a lo establecido en las propias normas técnicas;
21. Determinar los usos de las aguas de jurisdicción estatal;
22. Participar en coordinación con la Comisión Nacional y escuchando al Consejo Estatal del Agua, en la determinación y cambios en las zonas de disponibilidad en relación con las aguas de jurisdicción estatal;
23. Intervenir en el ámbito de su competencia y de conformidad con la legislación aplicable, en la supervisión y validación de los programas de obras de agua potable, alcantarillado y saneamiento de carácter público o privado que se realicen en el Estado;
24. Formular en coordinación con la Secretaría de Finanzas, la Secretaría de Desarrollo Urbano, la Secretaría de Desarrollo Rural, los Ayuntamientos de la Entidad y el COPLADE, los programas anuales de inversión del sector público en obras hidráulicas, de agua potable, alcantarillado y saneamiento en el Estado;
25. Proponer, aplicar y dar seguimiento a criterios y políticas de asignación de apoyos estatales para el estudio, proyecto, diseño, construcción, rehabilitación, mejoramiento y operación de los sistemas de agua potable, alcantarillado, tratamiento y disposición de aguas residuales;
26. Proyectar, construir y supervisar, en coordinación con las instituciones públicas estatales y municipales competentes, los sistemas públicos de agua potable, alcantarillado y saneamiento y las obras públicas consideradas en los convenios celebrados con los Municipios del Estado y con la Federación o aquellas que le fueran asignadas directamente;
27. Promover la potabilización del agua, el tratamiento de aguas residuales y su disposición, así como el manejo de lodos u otros sólidos resultantes del tratamiento o adecuación de las aguas servidas;
28. Promover el reúso y recirculación de las aguas servidas y en general, el mejoramiento de la eficiencia en la explotación, uso o aprovechamiento del agua;
29. Brindar el apoyo técnico, administrativo y jurídico que le soliciten los municipios o los Organismos Operadores;
30. Celebrar, con el objeto de lograr una coordinación integral y de conformidad con las disposiciones legales aplicables, los acuerdos y convenios que se requieran, con autoridades de los tres órdenes de Gobierno, en materia de agua y para la construcción, ampliación, operación y rehabilitación de los sistemas de agua potable, alcantarillado y saneamiento;
31. Promover la participación social en la prestación de los servicios públicos de agua, en el tratamiento de aguas residuales y su reúso, así como en el tratamiento y disposición final de lodos;
32. Llevar la representación estatal en los Consejos de Cuenca cuyo ámbito territorial de actuación comprenda parcial o totalmente el territorio del Estado;
33. Elaborar y mantener actualizados:
    1. El inventario de los recursos hídricos de que dispone el Estado, recopilando toda la información existente y efectuando los análisis, estudios e investigaciones necesarias que comprendan las condiciones hidrometeorológicas, termopluviométricas y fisiográficas, los escurrimientos superficiales y aguas del subsuelo, los usos actuales y previsibles a futuro, a efecto de establecer las políticas públicas, estrategias, programas, proyectos y actuaciones que le competan al Estado de Jalisco en materia de recursos hídricos y su gestión, en coordinación con la Comisión Nacional.
    2. Compendiar y mantener actualizada y fidedigna la información relacionada con los títulos de concesión, asignación, permisos de descarga y los derechos de uso de aguas de jurisdicción estatal, paralelamente con el Registro Público de Derechos de agua;
34. Establecer los distritos de control para combatir la contaminación del agua en Jalisco, en coordinación con las autoridades correspondientes; y exigir cuando sea necesario, a quienes utilicen y contaminen los recursos hídricos en el Estado con motivo de su operación o durante sus procesos productivos, el tratamiento de sus aguas residuales y manejo de Iodos, en los términos de la Ley, antes de su descarga al alcantarillado o a cualquier cuerpo receptor;
35. Solicitar a las dependencias, entidades, instancias y organismos públicos y demás personas físicas o jurídicas que se requiera, la información que sea necesaria para el logro de los objetivos que tiene encomendados, conforme al marco jurídico en vigor;
36. Realizar las gestiones necesarias a fin de obtener los financiamientos que se requieran para la eficiente prestación de sus servicios, en coordinación con las autoridades competentes;
37. Tramitar y resolver los recursos legales o medios de impugnación que le competan de acuerdo con lo establecido en la presente Ley;
38. Formular y aprobar su presupuesto de egresos de conformidad con lo establecido en la Ley de Presupuesto, Contabilidad y Gasto Público del Estado, para someterlo a consideración del Congreso del Estado por medio del Gobernador;
39. Ejercer en el ámbito de su competencia, funciones y atribuciones en materia de administración, información, planeación, control, supervisión y vigilancia de aguas de jurisdicción estatal;
40. Solicitar a las autoridades competentes la expropiación, ocupación temporal, total o parcial, de bienes o la limitación de los derechos de dominio, para el cumplimiento de sus objetivos, en los términos de ley;
41. Coadyuvar con los organismos operadores municipales e intermunicipales previa solicitud que formulen a la Comisión, en las gestiones de financiamiento y planeación de obras para los sistemas requeridos para la prestación de los servicios públicos de agua en zonas urbanas y en el medio rural, tanto para el servicio a poblaciones y comunidades, como para el riego agrícola;
42. Promover, apoyar y, en su caso, gestionar ante las dependencias, instancias, organismos y entidades federales, las asignaciones, concesiones y permisos correspondientes con objeto de dotar de agua a los centros de población y asentamientos humanos, así como para mejorar el riego agrícola en la entidad;
43. Conocer de todos los asuntos que en forma general o específica interesen al buen funcionamiento de los servicios públicos de agua;
44. Emitir opinión sobre el contenido de disposiciones jurídicas y proyectos de éstas relativas a los recursos hídricos y a la prestación de los servicios públicos correspondientes;
45. Determinar de acuerdo a la legislación vigente las cuotas y tarifas de conformidad con lo establecido en esta ley cuando preste servicios públicos de agua;
46. Asumir aquellas funciones que descentralice la federación en materia de recursos hídricos y su gestión, tanto en el ámbito estatal como municipal, de conformidad con lo que establece la presente Ley; y
47. Las demás que le confieran esta Ley, otras disposiciones legales aplicables, así como las que le deleguen las autoridades federales, estatales o municipales, derivadas de acuerdos o convenios que se celebren en materia de aguas, cuencas, cauces, acuíferos, y los servicios públicos de agua.