A principio de la década de los noventa, los problemas de salud pública por el consumo de agua no potable tuvieron en México índices de los más altos del mundo, por lo que el ejecutivo federal instituyó en abril de 1991 el Programa de Agua Limpia, con objetivos y estrategias específicas para garantizar que el recurso hídrico fuera de calidad adecuada para los diversos usos.
Para atender esta problemática de salud pública, se establece un convenio de colaboración entre la Comisión Nacional del Agua (CONAGUA) y la entonces Secretaría de Salud y Asistencia (SSA); con el objeto de llevar a cabo las tareas preventivas, se da origen al COMPONENTE CULTURA DEL AGUA, adscrito al Programa de Agua Limpia.
Actualmente el programa de Cultura del Agua tiene el carácter de prioritario.